Program studi Pendidikan IPA berdiri pada tahun 2012 dengan SK pendirian No.E.6/072/00.01/V/2012. Program Studi Pendidikan IPA berada di bawah naungan Fakultas Psikologi dan Ilmu Pendidikan, Universitas Muhammadiyah Sidoarjo. Pendirian Program Studi Pendidikan IPA ini dilatar belakangi oleh fenomena perubahan kurikulum di tingkat SMP/MTS dimana mata Pelajaran Fisika dan Biologi disatukan oleh kementrian Pendidikan menjadi satu yakni IPA Terpadu.
Pada awalnya Prodi Pendidikan IPA Universitas Muhammadiyah Sidoarjo bertempat di Kampus 1 Universitas Muhammadiyah Sidoarjo, Jl. Majapahit 666B pada awal pembentukannya. Namun pada September 2023, Prodi Pendidikan IPA bertempat di Kampus 3 Universitas Muhammadiyah Sidoarjo, Jl. Raya Lebo No. 4, Rame, Pilang, Kec. Wonoayu, Kab. Sidoarjo.
Saat ini, Kurikulum Program Sudi Pendidikan IPA dirancang berdasarkan kurikulum OBE (Outcome Based Education). Kurikulum OBE merupakan sistem pendidikan yang menekankan pada apa yang dapat mahasiswa lakukan dengan baik di akhir pengalaman belajar mereka. Kurikulum dirancang agar dapat memberikan kesempatan kepada mahasiswa untuk adaptif terhadap perkembangan zaman yang menuntut dikuasainya literasi numerasi, literasi sains, literasi iptek, dan literasi budaya.
Sejarah perkembangan akreditasi Program Studi Pendidikan IPA adalah sebagai berikut:
2014-2019 : Terakreditasi oleh SK akreditasi BAN/PT No.377/SK/BAN-PT/Akred/S/IX/2014.
2019-2023: Terakreditasi B oleh SK akreditasi BAN-PT No.342/SK/BAN-PT/Akred/S/III/2019.
2023-2028: Terakreditasi UNGGUL oleh SK akreditasi LAMDIK No. 1110/SK/LAMDIK/AK/S/XI/2023